L'Institut Pasteur est administré par un Conseil d'Administration composé, sous la présidence du ministre chargé de la santé publique ou de son représentant, des membres suivants :
-Le ministrechargé des finances, ou son représentant ;
-Le ministre chargé de l'agriculture, ou son représentant ;
-Le ministre chargé de l'éducation nationale, ou son représentant ;
-Le doyen de la faculté de médecine et de pharmacie ;
-Un représentant des services techniques du ministère chargé de la santé publique.
Ce Conseil peut s'adjoindre, à titre consultatif, toute personne dont il juge la présence utile.
Le Conseil d'Administration se réunit, sur convocation de son président aussi souvent que les besoins du centre l'exigent, et au moins deux fois par an :
Avant le 31 mai, pour arrêr les comptes de l'exercice écoulé et le programme d'action de l'exercice suivant Avant le 31 décembre, pour examiner et arrêr le budget du centre.
Le conseil d.administration délibère à la majorité de membres présents, dont le nombre ne peut êe inférieur à quatre, sur toutes les questions intéressant le centre en cas de partage des voix, celle du président est prépondérante

Le Conseil d'Administration a notamment pour mission :

1. - De conclure toute convention avec les organismes publics ou privés marocains ;
2. - D'approuver les programmes de recherche et de production, annuels et à long terme;
3. - D'arrêr les budgets et le complet du centre ;
4. - De proposer à l'approbation du ministre chargé de la santé publique et du ministre chargé des finances l'affectation de ressources particuliès au financement des programmes de recherche et de production;
5. - De soumettre à l'homologation du ministre chargé de la santé publique le prix de vente des produits fabriqués par le centre.